Μέσω της εξέλιξης τα φυτά και τα ζώα έχουν αναπτύξει αμυντικούς μηχανισμούς, συμπεριλαμβανομένων χημικών απωθητικών και τοξινών, έναντι των επιτιθέμενων οργανισμών. Με τη σειρά τους οι επιτιθέμενοι οργανισμοί έχουν αναπτύξει μηχανισμούς που τους επιτρέπουν να αποτοξινώνουν ή να αντιστέκονται με άλλο τρόπο στις αμυντικές χημικές ουσίες των ξενιστών τους. Έτσι, φαίνεται ότι τα περισσότερα είδη παρασίτων περιέχουν ήδη γονίδια που τους επιτρέπουν να αποικοδομούνται ενζυματικά ή με άλλο τρόπο να παρακάμπτουν τις τοξικές επιδράσεις πολλών τύπων χημικών ουσιών που έχουν αναπτυχθεί ως σύγχρονα φυτοφάρμακα. Η αντοχή στα φυτοφάρμακα, επομένως, είναι ένα γενετικά βασισμένο φαινόμενο και εμφανίζεται όταν ένα φυτοφάρμακο χρησιμοποιείται σε πληθυσμό που περιέχει ορισμένα άτομα με γενετική προδιάθεση να είναι ανθεκτικά σε αυτό το φυτοφάρμακο. Οι επαναλαμβανόμενες εφαρμογές και τα υψηλότερα ποσοστά θεραπείας θα σκοτώσουν αυξανόμενους αριθμούς παρασίτων, αλλά οι ανθεκτικοί επιζώντες θα περάσουν τα γονίδια ανθεκτικότητας στην επόμενη γενιά. Εάν δεν χρησιμοποιηθεί διαφορετικό καθεστώς θεραπείας, ο πληθυσμός θα περιέχει αυξανόμενους αριθμούς ανθεκτικών παρασίτων και όπου τα ποσοστά αναπαραγωγής είναι υψηλά, π.χ. στα έντομα, ολόκληρος ο πληθυσμός θα γίνει γρήγορα ανθεκτικός.
Από τη στιγμή που ένα παράσιτο έχει αναπτύξει αντοχή σε ένα συγκεκριμένο φυτοφάρμακο, είναι απαραίτητο να υπάρχουν άλλα μέσα καταπολέμησής του. Μια μέθοδος είναι η χρήση διαφορετικού φυτοφαρμάκου, ειδικά ενός σε διαφορετική χημική κατηγορία που έχει διαφορετικό τρόπο δράσης ενάντια στο παράσιτο. Πρέπει ωστόσο να ληφθεί μέριμνα ώστε να μην εισαχθεί στον πληθυσμό η πολλαπλή αντοχή, δηλαδή αντοχή σε διάφορες κατηγορίες φυτοφαρμάκων. Η καλύτερη στρατηγική είναι να αποφευχθεί η δημιουργία ενός ανθεκτικού πληθυσμού και για αυτό έχουν αναπτυχθεί διάφορες διαδικασίες. Έχουν προταθεί διάφορες στρατηγικές διαχείρισης για την αποφυγή της συσσώρευσης ανθεκτικών πληθυσμών λόγω της χρήσης φυτοφαρμάκων. Η EPA των ΗΠΑ και η καναδική PMRA έχουν εκπονήσει ένα εθελοντικό σύστημα επισήμανσης, μαζί με συστάσεις για την αποφυγή αντίστασης, την παροχή τρόπου δράσης και πληροφοριών τοποθεσίας στόχου στους χρήστες.